Místu dal jméno jeho zakladatel, o němž se však nedochovaly žádné zprávy. Hrad a při něm založené město náležely Rožmberkům již od konce 13. století. První nepřímá zmínka o Soběslavi je z roku 1293, kdy zde Jindřich z Rožmberka působil jako rozhodčí ve sporu vyšebrodského kláštera se sirotky po Jindřichu z Kosové Hory. Jindřich z Rožmberka udělil v roce 1390 Soběslavi výsadu po vzoru královských měst, jež opravňovaly městskou správu k opevnění města. Rožmberský purkrabí, sídlící na soběslavském hradě, spravoval velkou rožmberskou državu prostírající se mezi městem a jiným rožmberským hradem Choustníkem, který byl v roce 1322 připojen k soběslavskému panství.

Když část nespokojené šlechty zajala roku 1394 krále Václava IV. v městě Královém Dvoře, věznil ho Jindřich z Rožmberka (podle tvrzení pozdějšího rožmberského archiváře Václava Březana) mimo jiné v Soběslavi. Když se tábořili v roce 1420 zmocnili Příběnic, je dost možné, že se chtěli zmocnit také soběslavského hradu. Jan Žižka se roku 1421 spokojil s vypálením města, podobně jako v roce 1435 táborští.

Za domácí války mezi králem Jiřím z Poděbrad a panskou zelenohorskou jednotou byly roku 1467 soběslavské hradby opraveny. V roce 1468 musel Jan z Rožmberka, odstoupivší od krále, vydat město Zdeňku ze Šternberka (hrad však podržel). Do Soběslavi přišla současně posádka polských žoldnéřů.

Roku 1481 převzali bratři Vokovi z Rožmberka Soběslav opět do plného vlastnictví. Na hradě nadále sídlili rožmberští hejtmané (1502 Volkéř ze Štěkře, 1528 – 1529 Jan ze Štěkře). V roce 1565 postoupil Vilém z Rožmberka město Soběslav svému bratru Petru Vokovi.

Mnohé z toho, co Petr z Rožmberka skoupil v soběslavském okolí, jeho mladší syn a poslední člen rodu, Petr Vok, zase v letech 1593 – 1596 od soběslavského panství rozprodal. Jeho dědic, Jan Jiří ze Švamberka, vázán ustanovením Rožmberkovy závěti, přestavěl jižní trakt soběslavského hradu na českou školu pro mládež podobojí. České stavovské povstání z let 1618 – 1620 a také stavebníkova smrt (1617) zabránily dokončení díla. Král Ferdinand II. postoupil prázdnou školní budovu městu a to ji později (1628) proměnilo na pivovar.

Z bývalého hradu stojí dosud vysoká válcová věž se střílnami v úrovni jednotlivých pater, s rožmberskou růží na průčelí. Věž stojí v severním rohu městského opevnění. Z něho se dodnes zachovala u hradu část zděného příkopu. V těsné blízkosti věže je zřícenina hradního paláce se zbytky původních oken. Hradní dvůr byl ohraničen na severu a západě hospodářskými budovami. Hradní areál znehodnotily přestavby prováděné v letech 1807 a 1881.